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Bonjour, je suis Jérémy

Jérémy Martin

Bioinformaticien chez Equipe Gaudenzio, Institut Toulousains des Maladies Infectieuses et Inflammatoires

Je suis un bioinformaticien passioné avec 2 ans d’expérience académique dans un institut de recherche. D’une part, je conduit les analyses de données (principalement issus d’imagerie, d’expérience transcriptomiques ou protéomiques), d’autre part, je construit et développe des outils et méthodes pour faciliter l’exploration des données par les biologistes.

Travail d'équipe
Autonomie
Priotérisation des tâches
Flexibilité et adaptabilité
Vulgarisation technique

Competence

R / RMarkdown
R / RMarkdown

Utilisation en routine dans un contexte académique. Automatisation de l’édition de rapport RMarkdown. Libraries communement utilisées : Tidyverse, Seurat, Monocle, DESeq2, Limma, Bioconductor environment.

RShiny
RShiny

Construction de Dashboard pour présenter les données et les conclustions avec le framework RShiny. Construction d’une application Web pour permettre l’exploration de donnée scRNA-seq par les biologistes. Librairies communement utilisées : Shiny, ShinyBS, ShinyDashboard, plotly, ShinyJS.

Python
Python

Prise en charge des data et preuve de concept de l’IA appliquée à la biology. Initiation aux interfaces graphiques avec Qt pour Python. Libraries communement utilisées : Num/SciPy, Pandas, Keras, Scikit-Learn, Plotly.

Snakemake
Snakemake

Workflow manager utilisé pour automatiser de manière reproductible le pipeline d’analyse. Snakemake a été développé pour réaliser des traitements RNA-seq en masse et des traitements Hi-C.

Linux
Linux

Utilisation comme système d’exploitation principal. Capable d’écrire des scripts bash/shell. Polyvalence avec un émulateur de terminal. Familiarisé avec les clusters HPC SLURM (GenoToul).

Git
Git

Expérimenté avec le développement basé sur git. J’utilise principalement GitHub sur mon compte personnel et sur le compte de mon organisation. J’ai également de l’expérience dans l’utilisation de GitLab.

Alphafold
Alphafold

Démarrage avec Alphafold et Alphafold-multimer. Visualisation des données et manipulation des modèles avec ChimeraX de l’UCSC.

ISTQB
ISTQB

ISTQB Foundation (v4) certified.

Éxpériences

1
Consultant en sciences et analyses de donées.
Alliance4U

Sept. 2023 - Aujourd'hui, Toulouse, FRANCE (31)

Consultant en sciences et analyses de données.

Immception Lab, INFINITy (INSERM UMR 1291)

Janv. 2021 - Sept. 2023, Toulouse, FRANCE (31)

Ingénieur d’étude en bioinformatique. Il m’a été confié les analyses des données générées par l’équipe du laboratoire. Pour répondre aux problématiques du l’équipe, j’élabore des pipeline d’analyses construit autour de R et Python.

Ingénieur d'Etude en Bioinformatique (Catégorie A)

Juil. 2021 - Sept. 2023

  • Concevoir, développer et conduire des pipelines d’analyses multiomiques.
  • Concervoir, développer et prodiguer des formations en bioinformatique.
  • Communiquer et vulgariser les évolutions et nouvelles méthodes développer dans mon domaine d’expértise.
Bioinforamticien stagiaire

Janv. 2021 - Juin 2021

  • Developper un pipeline d’analyse de donnée single cell RNA seq.
  • Concevoir une étude de l’intéractome entre les cellules immunitairtes et le systèmes nerveux sensoriels.
  • Caractériser le transcriptome des mastocytes et mettre en évidence leurs probable implication dans le maintien de l’homéostasie tissulaire en condition inflammatoire.
  • Développement d’une ébauche de WebApplication en R Shiny pour faciliter l’exploration des données par les membres de l’équipe.
2
3
Bioinforamticien stagiaire
SeqOccin, GenPhySe (INRAE)

Juin 2020 - Août 2020, Auzeville, FRANCE (31)

Stage facultatif. 100% Distanciel.

Responsabilitiés :
  • Concevoir, développer et conduire une analyse de donnée Hi-C
  • Utilisation du cluster de calcul Genologin de GenoToul (HPC SLURM)
  • Introduction à NF-Core et Nextflow

Éducation

Université Toulouse III, Paul Sabatier
2020-2021
Master 2 en Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Classement: 1 sur 16
Cours suivis
  • Modélisation et Biologie des Systèmes
  • Introduction à l'apprentissage machine
  • Communication scientifique
  • Base de données et Base de données avancés
  • Intégration de données hétérogènes
  • Phylogénomie
  • Introduction à la paléogénomique
Activités extra-scolaires
  • Stage de 6 mois : Etudes the la communication entre les neurones sensoriels et les cellules immunitaires dans un contexte de dermatite allergique de contact : une approche bioinformatique.
Université Toulouse III, Paul Sabatier
2019-2020
Master 1 en Bioinformatique et Biologie des Systèmes
Classement: 3 sur 17
Cours suivis
  • Bioinformatique des Séquences
  • Bioinformatique pour la Génomique
  • Programmation pour la bioinformatique (Python)
  • Théorie des graphes et réseaux biologiques
  • Introduction aux bases de données
  • Mathématiques pour la biologie
  • Algorithmique et compléxitée
  • Traitement de données postgenomiques
  • Evolution moléculaire
  • Fouille de données
  • Programmation avancée et ingénierie logicielle (Java)
  • Analyse de données multivariées
  • Biostatistique et modèles linéaires avancées
Activités extra-scolaires
  • Stage de 2 mois : Polled-HiC, une analyse de cartographie chromosomique d'une regions d'intérêt dans un modèle bovin.
  • Projet tutoré : Comparaison d'outils de comptage de reads et caractérisation des différences dans le calcul de profondeur de séquençage.
Université Toulouse III, Paul Sabatier
2017-2019
Licence de Biologie, mention Biochimie, Biologie Moléculaire et Microbiologie
Cours suivis
  • Biochimie structurale
  • Biochimie analytique
  • Microbiologie et génétique molécualire
  • Méthodologie en biologie moléculaire
  • Immunologie
  • Bioanalyses
  • Interaction Proteine-Proteine
  • Metabolisme et Enzymologie
  • Biologie cellulaire
Lycée du Dr Lacroix
2012-2014
Brevet de Technicien Supérieur, mention Analyse de Biologie Médicale
Cours suivis
  • Techniques en biochimie clinique
  • Techniques en hématologie clinique
  • Techniques en microbiologie clinique
  • Techniques en parastiologie clinique
  • Techniques en immunologie clinique
  • Biologie humaine et homéostasie
  • Qualité en laboratoire
Activités extra-scolaires
  • Stage : Département de pathologie clinique des Hopitaux de Toulouse. Immersion pratique au sein du département de cytologie pathologique, acquisition des bonnes pratiques en laboratoire de cytologie et d'histologie, des techniques de routines et avancées en (immuno)-histo/cytochimie.

Projects

Single cell analysis of mast cell populations across organs reveals insights into cell origins, anatomical niches and neuron-associated functions
Single cell analysis of mast cell populations across organs reveals insights into cell origins, anatomical niches and neuron-associated functions
Talk Journée de rencontre GenoToul Bioinfo / Biostat - 1er Dec. 2022

Les mastocytes (MCs) sont des cellules immunitaires résidents des tissus qui peuvent être identifiés comme associés au tissus conjonctifs (CTMCs) ou associés au muqueuse (MMCs). Grâce aux techniques de séquençage de l’ARN en cellule unique, nous avons pu établir le profil transcriptomique de ces cellules, comprenant leurs fonctions et leurs empreintes tissulaires, dans le but de développer un atlas transcriptomique des mastocytes de différents organes chez l’humain et la souris.

Academic Professional Transcriptomics Presentation
Détails
Consideration of data heterogeneity and automation of single cell RNA-seq processing
Consideration of data heterogeneity and automation of single cell RNA-seq processing
Talk Journée Scientifique de Toulouse Genopole - 11 Juil. 2022

Invité à la Journée Scientifique organisée par GenoToul pour discuter de l’hétérogénéité des données en scRNA seq. J’y ai présenté l’impact de cet hétérogénéité à travers un pipeline d’analyse standard, et de l’importance de la prendre en compte. Durant cette présentation, j’ai utilisée trois jeux de données différents générés au laboratoire pour appuyer mon discours.

Academic Professional Transcriptomics Presentation
Détails
Toolbox - FeaturePlot
Owner Mars, 2021 - Août, 2021

Une WebApp de visualisation de données scRNA seq. Ce repo est une ébauche d’utilisation de RShiny appliquée au scRNA seq et au objet de classe SeuratObject

Academic Personnal R Shiny
Star

Certificats et formations

ISTQB Foundation
CFTL 12/22/2023

Afficher le certificat
Apprentissage Machine avec R et Caret
Formatech Consulting 05/24 - 05/31 - 06/07/2023

Apprentissage Machine et Profond avec R et Keras
INRAe Occitanie - Toulouse, Genotoul Biostat 09/27 - 09/28/2022

Evaluation Apprentissage Machine
LinkedIn Skill Assessment 08/30/2022

Evaluation Bash
LinkedIn Skill Assessment 08/30/2022

Evaluation R
LinkedIn Skill Assessment 04/22/2022